Struktur organisasi Kantor Imigrasi Kelas II Non TPI Madiun meliputi Subbagian Tata Usaha, Seksi Dokumen dan Izin Tinggal Keimigrasian, Seksi Teknologi Informasi dan Komunikasi Keimigrasian, Seksi Intelijen dan Penindakan Keimigrasian.